2009年9月，第一批73名学生、17位教师正式进驻学校，开始了一段创新的教育历程。
2009年底，济宁高新区管委会在综合考察了北京、上海、大连、苏州、昆山等地之后，最终决定邀请苏州外国语学校对济宁孔子国际学校进行全方位的管理。
2010年起，苏州外国语学校正式接管，派出4—5人的常驻管理团队对济宁孔子国际学校进行管理，同时每月派出专家团对学校工作进行评估、督导，确保学校沿着科学化、现代化、国际化的方向发展。
总校长：曹伦华
校长：张彤
校长：沈建华
附属幼儿园：
（小班、中班、大班）
小学部：
（国际淑女班、实验班、国际班）
初中部
（实验班、国际班）
高中部
（筹）
外教课程
二外课程
艺术课程
国学课程
学校积极开展对外交流与合作，2013年10月和新加坡南侨小学、济南外国语学校缔结友好学校。